为了打击日益增多的水上犯罪，东京警视厅设立了东京水上警察局（简称水上警察局）。然而，聚集在那里的却是一个背景和价值观迥异的群体。水上警察局的成员个个个性鲜明，包括担任地方侦探20余年的队长碇琢磨、从总部调来的雄心勃勃的侦探日下部俊，以及负责操作船只的海洋技术员有马玲子。水上警察局的成员们负责处理发生在东京海洋和河流上的各种犯罪，并通过破案团结一心。